Вторая половина XVIII в. — начало XIX в. Пожар, строительство каменной ограды, восстановление храма
В мае 1748 года в Воронеже вспыхнул крупный пожар, который не прошел бесследно для Никольского храма. Огонь, занявшийся в нижней части города с ее узкими улицами и скученными зданиями, стремительно перекидывался от дома к дому и в мгновенье ока охватил деревянные постройки, сгорела вся Немецкая слобода. В некоторых местах огонь поднимался в гору — так пострадал и Никольский храм. Сгорела кровля на куполах и трапезной, были повреждены, а во многих случаях полностью истреблены иконы, ризница и святые престолы.
Жители слободы не оставили храм без помощи и по мере сил собирали средства на его восстановление. В следующем, 1749 году прихожане испросили у епископа Феофилакта (Губанова) разрешения восстановить обгоревшую церковь, в октябре того же года Преосвященный освятил придельный алтарь во имя великомученика Димитрия Солунского в левой стороне трапезной.
Восстановительные работы продолжались несколько лет, в 1755 году храм заново освятили. Очевидно, в эти же годы была сооружена колокольня.
В середине XVIII века приход состоял из 79 дворов, насчитывавших 235 мужчин и 246 женщин, в хозяйственном ведении находились земельные угодья, луга, а также Малышевский затон с притоками.
По сведениям, которые приводит А. Правдин в «Воронежской старине», клир составляли священники Епифаний Леонтьев, рукоположенный из дьяконов в 1733 году, и Василий Яковлевич Харин (из купеческого звания). Дьяконом состоял сын местного священника Антоний Епифанов. В 1756 году отца Василия сменил священник Василий Епифанович Сахаров, который служил в храме до начала XIX века и скончался в 1804 году. В 1756 году священником был также назначен Филипп Трофимов, после которого, как пишет А. Правдин, «причт оставался во все последующие времена одноштатным».
По сведениям того же историка, на рубеже XVII и XVIII веков Никольская церковь была едва ли не самой богатой между городскими храмами, о чем можно судить по записям окладных книг: «с нее взималось церковной дани и других пошлин больше, чем с других церквей».
В 1768 году прихожане возбудили ходатайство об устройстве вокруг храма ограды. Безрадостный повод к этому А. Правдин описывает так:
«Вблизи церкви рыли песок, а вместе с песком выкапывались кости покойников и обращались с ними как попало, оставляли валяться по переулкам и другим неприличествующим местам, и сие — замечают просители — сожалительно видеть. Нужно заметить, что раньше тут на церковном погосте хоронили казенных преступников и тюремных колодников; но в 1759 году по просьбе причта, погребение мертвых тел и острога было прекращено, так как из-за них недоставало места на церковном кладбище для прихожан».
В том же 1768 году храм опоясала каменная ограда.
Погост при храме стал место последнего пристанища многих «достаточных» горожан: купцов Федота Савостьяновича (1767) и его сына Авраама Федотовича (1770) Кривошеевых, Сахаровых (1766), Агапоновых (1770), Мосалитиновых (1771). Был похоронен здесь и представитель древнего дворянского рода Шеншиных: «1768 года генваря 15-го дня преставился раб Божий Матфей Афанасьевич Шеншин и положен во гроб, алым сукном и серебром позумента по краям обит и крышка покрыта широким позументом, а на крышке зеленою парчою: погребен у Николы Чудотворца Задонским архимандритом Нифонтом».
В 1788 году в Никольской церкви был обновлен иконостас и расписаны стены, однако для дальнейшего благоустройства денег не нашлось, не хватало средств и на содержание причта. Епархиальному начальству было направлено ходатайство о приписке к Никольскому храму домов от других достаточных церквей и вскоре храму приписали 18 дворов (75 человек) из упраздненного прихода Богоявленской церкви. Дела храма со временем поправились, и в 1816-1819 годах был отремонтирован Димитриевский придел.
(Текст — из книги «Твердыня веры. Никольский храм города Воронежа» / автор-составитель А. Коробанов; под общей редакцией протоиерея Андрея Изакара. — Воронеж: Издательский отдел Воронежской митрополии, 2015.)